Карлов университет - старейший университет Центральной Европы и один из старейших университетов мира. Был основан императором чесшким и римским Карлом IV в 1348 году как "первый университет на север от Альп и на север от Парижа".
Университет сотрудничает со многими высшими учебными заведениями Америки, Европы и Азии. Также университет входит в ассоциацию главных европейских вузов вместе с Оксфордом, Сорбонной, Болоньей, Университетом Женевы. На его факультетах читают лекции преподаватели ведущих университетов мира.
Несмотря на свой исторический статус, в настоящее время в Шанхайском рейтинге лучших вузов мира университет входит лишь в третью сотню (по состоянию на 2013 год), но среди чешских учебных заведений занимает первое место. Также в 2012 году вуз впервые вошёл в рейтинги двухсот лучших в области математики и физики.
Пост ректора с 2014 года занимает Томаш Зима.